У ученых нет единого мнения, как правильно переводить слово "Анапа". Вариантов перевода так же много, как и народов, в разное время проживавших на территории города и его окрестностей. Наиболее популярными вариантами являются:

Адыг. «Аннэ-пэ» — «Край округлого стола». Это предположение основано на том, что форма Анапы на карте напоминает край адыгейского национального стола "аннэ", что могли заметить проживавшие здесь адыгские племена (натухаевцы и шегаки).

Санскр. «Ана-па» — «Дыхание (основа) воды». Потомки индоариев (киммеро-синды), использовавшие санскрит, активно использовали расположившиеся близ города минеральные источники, отмечая их уникальные целебные свойства.

Др.греч. «Ана-па» — «Высокий мыс». В древне-греческой «Аргонавтике» Апполоний Родосский, упоминая первый раз слово «Анапа», осмысляет его именно как «высокий мыс». Скорее всего, это название местность получила благодаря высокому и обрывистому берегу, вдоль которого проходит ул. Старая Набережная.

Абхазский «Ана-пы» — рука, крайний форпост абхазского царства, «до сих пор простирается моя рука».

Выдающийся русский ученый, археолог Н. И. Веселовский, хорошо знавший Анапу на рубеже XIX—XX веков, происхождение имени Анапа связывает с понятием в черкесском языке слова «бог» — «...там пребывала главная святыня народа». Любопытно, что и Арриан Флавий во II веке называл местоположение Анапы Святой Гаванью. Веселовский категорически настаивает на искусственности перевода слова «анапе» как «нос», «конец стола», «край стола», «столообразный выступ берега», предложенный Лопатинским.